Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa

Mikrobiaineistot ovat ekologisia runsausaineistoja, jotka sisältävät tietoa biologisten näytteiden mikrobiomeista. Mikrobiaineistojen analysointi on usein haastavaa, sillä aineistot ovat lähes aina suuriulotteisia. Muita mikrobiaineistoille tyypillisiä piirteitä ovat harvuus ja ylihajonta. Suuriulot...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Anttila, Aapo
Other Authors: Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta, Faculty of Sciences, Matematiikan ja tilastotieteen laitos, Department of Mathematics and Statistics, Jyväskylän yliopisto, University of Jyväskylä
Format: Master's thesis
Language:fin
Published: 2024
Subjects:
Online Access: https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/96893
_version_ 1826225701331664896
author Anttila, Aapo
author2 Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Faculty of Sciences Matematiikan ja tilastotieteen laitos Department of Mathematics and Statistics Jyväskylän yliopisto University of Jyväskylä
author_facet Anttila, Aapo Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Faculty of Sciences Matematiikan ja tilastotieteen laitos Department of Mathematics and Statistics Jyväskylän yliopisto University of Jyväskylä Anttila, Aapo Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Faculty of Sciences Matematiikan ja tilastotieteen laitos Department of Mathematics and Statistics Jyväskylän yliopisto University of Jyväskylä
author_sort Anttila, Aapo
datasource_str_mv jyx
description Mikrobiaineistot ovat ekologisia runsausaineistoja, jotka sisältävät tietoa biologisten näytteiden mikrobiomeista. Mikrobiaineistojen analysointi on usein haastavaa, sillä aineistot ovat lähes aina suuriulotteisia. Muita mikrobiaineistoille tyypillisiä piirteitä ovat harvuus ja ylihajonta. Suuriulotteisuudesta johtuen mikrobiaineistojen tutkimiseen on usein käytetty ulottuvuuksia vähentäviä ordinaatiomenetelmiä. Ordinaatiomenetelmien avulla moniulotteisen aineiston sisältämä tieto voidaan esittää kahdessa ulottuvuudessa. Tässä tutkielmassa on tavoitteena vertailla kahta mallipohjaista menetelmää – kopula-ordinaatiomenetelmää ja yleistettyä lineaarista latenttimuuttujamenetelmää – klassisiin ordinaatiomenetelmiin kuten pääkomponenttianalyysiin ja ei-metriseen moniulotteiseen skaalaukseen. Menetelmien vertailu tehtiin simulointikokeiden avulla, joissa aineistoja generoitiin eri menetelmillä. Simuloitujen aineistojen mallina käytettiin oikeaa, Ukrainan Tšernobylin alueelta kerättyä aineistoa. Alueelta pyydystettiin metsämyyriä, joiden suolten mikrobiomeja mitattiin sekvensointimenetelmällä. Aineiston myyrät oli pyydystetty neljästä eri kohteesta, joista kaksi oli säteilyn saastuttamia ja kaksi saastumattomia. Simulointikokeiden tulokset eivät antaneet yksiselitteistä vastausta siihen, mitkä ordinaatiomenetelmät toimivat parhaiten mikrobiaineistojen analysoimiseen. Eri menetelmät tulkitsevat aineiston sisältämän informaation eri tavoin, joten aineiston generointitapa vaikuttaa siihen, miten hyvin kukin menetelmä toimii. Tulokset osoittivat, että jakaumaperheen tai muunnoksen valinnalla – riippuen menetelmästä – on merkitystä menetelmän toimivuuden kannalta.
first_indexed 2024-09-02T20:00:54Z
format Pro gradu
free_online_boolean 1
fullrecord [{"key": "dc.contributor.advisor", "value": "Taskinen, Sara", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "advisor", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.advisor", "value": "Korhonen, Pekka", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "advisor", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.advisor", "value": "Niku, Jenni", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "advisor", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.author", "value": "Anttila, Aapo", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "author", "schema": "dc"}, {"key": "dc.date.accessioned", "value": "2024-09-02T06:07:17Z", "language": null, "element": "date", "qualifier": "accessioned", "schema": "dc"}, {"key": "dc.date.available", "value": "2024-09-02T06:07:17Z", "language": null, "element": "date", "qualifier": "available", "schema": "dc"}, {"key": "dc.date.issued", "value": "2024", "language": "", "element": "date", "qualifier": "issued", "schema": "dc"}, {"key": "dc.identifier.uri", "value": "https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/96893", "language": null, "element": "identifier", "qualifier": "uri", "schema": "dc"}, {"key": "dc.description.abstract", "value": "Mikrobiaineistot ovat ekologisia runsausaineistoja, jotka sis\u00e4lt\u00e4v\u00e4t tietoa biologisten n\u00e4ytteiden mikrobiomeista. Mikrobiaineistojen analysointi on usein haastavaa, sill\u00e4 aineistot ovat l\u00e4hes aina suuriulotteisia. Muita mikrobiaineistoille tyypillisi\u00e4 piirteit\u00e4 ovat harvuus ja ylihajonta. Suuriulotteisuudesta johtuen mikrobiaineistojen tutkimiseen on usein k\u00e4ytetty ulottuvuuksia v\u00e4hent\u00e4vi\u00e4 ordinaatiomenetelmi\u00e4. Ordinaatiomenetelmien avulla moniulotteisen aineiston sis\u00e4lt\u00e4m\u00e4 tieto voidaan esitt\u00e4\u00e4 kahdessa ulottuvuudessa.\n\nT\u00e4ss\u00e4 tutkielmassa on tavoitteena vertailla kahta mallipohjaista menetelm\u00e4\u00e4 \u2013 kopula-ordinaatiomenetelm\u00e4\u00e4 ja yleistetty\u00e4 lineaarista latenttimuuttujamenetelm\u00e4\u00e4 \u2013 klassisiin ordinaatiomenetelmiin kuten p\u00e4\u00e4komponenttianalyysiin ja ei-metriseen moniulotteiseen skaalaukseen. Menetelmien vertailu tehtiin simulointikokeiden avulla, joissa aineistoja generoitiin eri menetelmill\u00e4. Simuloitujen aineistojen mallina k\u00e4ytettiin oikeaa, Ukrainan T\u0161ernobylin alueelta ker\u00e4tty\u00e4 aineistoa. Alueelta pyydystettiin mets\u00e4myyri\u00e4, joiden suolten mikrobiomeja mitattiin sekvensointimenetelm\u00e4ll\u00e4. Aineiston myyr\u00e4t oli pyydystetty nelj\u00e4st\u00e4 eri kohteesta, joista kaksi oli s\u00e4teilyn saastuttamia ja kaksi saastumattomia. \n\nSimulointikokeiden tulokset eiv\u00e4t antaneet yksiselitteist\u00e4 vastausta siihen, mitk\u00e4 ordinaatiomenetelm\u00e4t toimivat parhaiten mikrobiaineistojen analysoimiseen. Eri menetelm\u00e4t tulkitsevat aineiston sis\u00e4lt\u00e4m\u00e4n informaation eri tavoin, joten aineiston generointitapa vaikuttaa siihen, miten hyvin kukin menetelm\u00e4 toimii. Tulokset osoittivat, ett\u00e4 jakaumaperheen tai muunnoksen valinnalla \u2013 riippuen menetelm\u00e4st\u00e4 \u2013 on merkityst\u00e4 menetelm\u00e4n toimivuuden kannalta.", "language": "fi", "element": "description", "qualifier": "abstract", "schema": "dc"}, {"key": "dc.description.provenance", "value": "Submitted by Paivi Vuorio (paelvuor@jyu.fi) on 2024-09-02T06:07:17Z\nNo. of bitstreams: 0", "language": "en", "element": "description", "qualifier": "provenance", "schema": "dc"}, {"key": "dc.description.provenance", "value": "Made available in DSpace on 2024-09-02T06:07:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0\n Previous issue date: 2024", "language": "en", "element": "description", "qualifier": "provenance", "schema": "dc"}, {"key": "dc.format.extent", "value": "34", "language": "", "element": "format", "qualifier": "extent", "schema": "dc"}, {"key": "dc.language.iso", "value": "fin", "language": null, "element": "language", "qualifier": "iso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.rights", "value": "In Copyright", "language": "en", "element": "rights", "qualifier": null, "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.other", "value": "kompositionaalisuus", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "other", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.other", "value": "ordinaatio", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "other", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.other", "value": "latenttimuuttujamalli", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "other", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.other", "value": "mikrobiaineistot", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "other", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.other", "value": "kopula", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "other", "schema": "dc"}, {"key": "dc.title", "value": "Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa", "language": "", "element": "title", "qualifier": null, "schema": "dc"}, {"key": "dc.type", "value": "master thesis", "language": null, "element": "type", "qualifier": null, "schema": "dc"}, {"key": "dc.identifier.urn", "value": "URN:NBN:fi:jyu-202409025776", "language": null, "element": "identifier", "qualifier": "urn", "schema": "dc"}, {"key": "dc.type.ontasot", "value": "Master\u2019s thesis", "language": "en", "element": "type", "qualifier": "ontasot", "schema": "dc"}, {"key": "dc.type.ontasot", "value": "Pro gradu -tutkielma", "language": "fi", "element": "type", "qualifier": "ontasot", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.faculty", "value": "Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta", "language": "fi", "element": "contributor", "qualifier": "faculty", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.faculty", "value": "Faculty of Sciences", "language": "en", "element": "contributor", "qualifier": "faculty", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.department", "value": "Matematiikan ja tilastotieteen laitos", "language": "fi", "element": "contributor", "qualifier": "department", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.department", "value": "Department of Mathematics and Statistics", "language": "en", "element": "contributor", "qualifier": "department", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.organization", "value": "Jyv\u00e4skyl\u00e4n yliopisto", "language": "fi", "element": "contributor", "qualifier": "organization", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.organization", "value": "University of Jyv\u00e4skyl\u00e4", "language": "en", "element": "contributor", "qualifier": "organization", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.discipline", "value": "Tilastotiede", "language": "fi", "element": "subject", "qualifier": "discipline", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.discipline", "value": "Statistics", "language": "en", "element": "subject", "qualifier": "discipline", "schema": "dc"}, {"key": "yvv.contractresearch.funding", "value": "0", "language": "", "element": "contractresearch", "qualifier": "funding", "schema": "yvv"}, {"key": "dc.type.coar", "value": "http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc", "language": null, "element": "type", "qualifier": "coar", "schema": "dc"}, {"key": "dc.rights.accesslevel", "value": "openAccess", "language": null, "element": "rights", "qualifier": "accesslevel", "schema": "dc"}, {"key": "dc.type.publication", "value": "masterThesis", "language": null, "element": "type", "qualifier": "publication", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.oppiainekoodi", "value": "4043", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "oppiainekoodi", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "simulointi", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "tilastomenetelm\u00e4t", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.rights.url", "value": "https://rightsstatements.org/page/InC/1.0/", "language": null, "element": "rights", "qualifier": "url", "schema": "dc"}]
id jyx.123456789_96893
language fin
last_indexed 2025-02-18T10:54:48Z
main_date 2024-01-01T00:00:00Z
main_date_str 2024
online_boolean 1
online_urls_str_mv {"url":"https:\/\/jyx.jyu.fi\/bitstreams\/bc193aef-62cf-497b-b582-e297091e1bd3\/download","text":"URN:NBN:fi:jyu-202409025776.pdf","source":"jyx","mediaType":"application\/pdf"}
publishDate 2024
record_format qdc
source_str_mv jyx
spellingShingle Anttila, Aapo Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa kompositionaalisuus ordinaatio latenttimuuttujamalli mikrobiaineistot kopula Tilastotiede Statistics 4043 simulointi tilastomenetelmät
title Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
title_full Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
title_fullStr Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
title_full_unstemmed Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
title_short Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
title_sort klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
title_txtP Klassisten ja mallipohjaisten ordinaatiomenetelmien vertailu mikrobiaineistojen analysoinnissa
topic kompositionaalisuus ordinaatio latenttimuuttujamalli mikrobiaineistot kopula Tilastotiede Statistics 4043 simulointi tilastomenetelmät
topic_facet 4043 Statistics Tilastotiede kompositionaalisuus kopula latenttimuuttujamalli mikrobiaineistot ordinaatio simulointi tilastomenetelmät
url https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/96893 http://www.urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-202409025776
work_keys_str_mv AT anttilaaapo klassistenjamallipohjaistenordinaatiomenetelmienvertailumikrobiaineistojenanalysoinn