Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä

Tämän Pro gradu -tutkimuksen kirjallisessa osassa perehdytään pintaa syvemmälle solujen metabolomiikkaan sekä fluksomiikkaan. Kirjallisen osan alussa käsitellään solujen toimintaa perustasolla ja käydään läpi tutkimuksen osalta tärkeimpiä aineenvaihduntareittejä ja niiden tuottamia aineenvaihdunt...

Full description

Bibliographic Details
Main Author: Liimatainen, Roosa-Maria
Other Authors: Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta, Faculty of Sciences, Kemian laitos, Department of Chemistry, Jyväskylän yliopisto, University of Jyväskylä
Format: Master's thesis
Language:fin
Published: 2024
Subjects:
Online Access: https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/96618
_version_ 1826225734011584512
author Liimatainen, Roosa-Maria
author2 Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Faculty of Sciences Kemian laitos Department of Chemistry Jyväskylän yliopisto University of Jyväskylä
author_facet Liimatainen, Roosa-Maria Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Faculty of Sciences Kemian laitos Department of Chemistry Jyväskylän yliopisto University of Jyväskylä Liimatainen, Roosa-Maria Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta Faculty of Sciences Kemian laitos Department of Chemistry Jyväskylän yliopisto University of Jyväskylä
author_sort Liimatainen, Roosa-Maria
datasource_str_mv jyx
description Tämän Pro gradu -tutkimuksen kirjallisessa osassa perehdytään pintaa syvemmälle solujen metabolomiikkaan sekä fluksomiikkaan. Kirjallisen osan alussa käsitellään solujen toimintaa perustasolla ja käydään läpi tutkimuksen osalta tärkeimpiä aineenvaihduntareittejä ja niiden tuottamia aineenvaihduntatuotteita eli metaboliitteja. Tämän jälkeen kirjallinen osa keskittyy käsittelemään fluksomiikkaa syvemmällä tasolla ja sitä, kuinka isotooppileimaus on isossa roolissa sen tutkimuksessa. Näiden edellä mainittujen aiheiden lisäksi kirjallisessa osassa käsitellään nykypäivänä metabolomiikan ja fluksomiikan tutkimuksessa yleisimmin käytettyjä analyysimenetelmiä, kuten massaspektrometriaa, nestekromatografiaa, ydinmagneettista resonanssispektroskopiaa sekä kaasukromatografiaa. Kirjallisen osan loppupuolella käsitellään tutkimuksessa keskeisessä roolissa olevia analyysimenetelmien yhdistelmiä, kuten LC-MS- ja GC-MS-analytiikkaa. Kokeellisen osan tarkoituksena oli perehtyä ihmisen sekä hiiren lihassolunäytteiden soluviljelyyn, näytteiden keräykseen sekä näytteiden analysoitiin UHPLC-QQQ-MS-laitteistoa hyödyntäen. Tutkimuksessa perehdyttiin syvemmin, kuinka lihassolujen aineenvaihduntareitit tuottavat tiettyjä kiinnostuksen kohteena olevia aminohappoja sekä kuinka nopeasti ne tuottavat niitä tietyissä aikapisteissä. Näytteiden analysoinnin osalta tutkimuksessa keskityttiin ensin optimoimaan UHPLC-MS/MS-menetelmää kuoppatestin sekä aikapistevertailun avulla. Kun menetelmä oli saatu optimoitua mittauksiin sopivaksi, analysoitiin ihmisen lihassolunäytteistä aineenvaihduntareittien virtausnopeutta eli fluksomiikkaa. Fluksomiikan tutkimisessa hyödynnetiin isotooppileimausta, jossa ihmisen lihassolujen annettiin vaikuttaa 13C isotooppileimatun glukoosiliuoksen kanssa eri aikapisteiden verran. Isotooppileimattuja glukoosiliuoksia valmistettiin kokeellista osaa varten kahta erilaista, joissa niiden pitoisuudet säädettiin HS (horse serum) - ja FBS (fetal bovine serum) -seerumien avulla 2 ja 20 prosenttisiksi. Eri seerumipitoisten gluukosiliuosten tarkoituksena oli stimuloida ihmisen lihassolujen aineenvaihduntareittejä ja tarkoituksena oli analysoida, onko isotooppileimatun glukoosiliuoksen väkevyydellä merkittävää vaikutusta aminohappojen tuotantoon.
first_indexed 2024-08-15T20:01:28Z
format Pro gradu
free_online_boolean 1
fullrecord [{"key": "dc.contributor.advisor", "value": "Kalenius, Elina", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "advisor", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.advisor", "value": "M\u00e4ntyselk\u00e4, Sakari", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "advisor", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.author", "value": "Liimatainen, Roosa-Maria", "language": "", "element": "contributor", "qualifier": "author", "schema": "dc"}, {"key": "dc.date.accessioned", "value": "2024-08-15T10:58:21Z", "language": null, "element": "date", "qualifier": "accessioned", "schema": "dc"}, {"key": "dc.date.available", "value": "2024-08-15T10:58:21Z", "language": null, "element": "date", "qualifier": "available", "schema": "dc"}, {"key": "dc.date.issued", "value": "2024", "language": "", "element": "date", "qualifier": "issued", "schema": "dc"}, {"key": "dc.identifier.uri", "value": "https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/96618", "language": null, "element": "identifier", "qualifier": "uri", "schema": "dc"}, {"key": "dc.description.abstract", "value": "T\u00e4m\u00e4n Pro gradu -tutkimuksen kirjallisessa osassa perehdyt\u00e4\u00e4n pintaa syvemm\u00e4lle solujen \nmetabolomiikkaan sek\u00e4 fluksomiikkaan. Kirjallisen osan alussa k\u00e4sitell\u00e4\u00e4n solujen toimintaa \nperustasolla ja k\u00e4yd\u00e4\u00e4n l\u00e4pi tutkimuksen osalta t\u00e4rkeimpi\u00e4 aineenvaihduntareittej\u00e4 ja niiden \ntuottamia aineenvaihduntatuotteita eli metaboliitteja. T\u00e4m\u00e4n j\u00e4lkeen kirjallinen osa keskittyy \nk\u00e4sittelem\u00e4\u00e4n fluksomiikkaa syvemm\u00e4ll\u00e4 tasolla ja sit\u00e4, kuinka isotooppileimaus on isossa \nroolissa sen tutkimuksessa. N\u00e4iden edell\u00e4 mainittujen aiheiden lis\u00e4ksi kirjallisessa osassa \nk\u00e4sitell\u00e4\u00e4n nykyp\u00e4iv\u00e4n\u00e4 metabolomiikan ja fluksomiikan tutkimuksessa yleisimmin k\u00e4ytettyj\u00e4 \nanalyysimenetelmi\u00e4, kuten massaspektrometriaa, nestekromatografiaa, ydinmagneettista \nresonanssispektroskopiaa sek\u00e4 kaasukromatografiaa. Kirjallisen osan loppupuolella k\u00e4sitell\u00e4\u00e4n \ntutkimuksessa keskeisess\u00e4 roolissa olevia analyysimenetelmien yhdistelmi\u00e4, kuten LC-MS- ja \nGC-MS-analytiikkaa. \n\nKokeellisen osan tarkoituksena oli perehty\u00e4 ihmisen sek\u00e4 hiiren lihassolun\u00e4ytteiden \nsoluviljelyyn, n\u00e4ytteiden ker\u00e4ykseen sek\u00e4 n\u00e4ytteiden analysoitiin UHPLC-QQQ-MS-laitteistoa \nhy\u00f6dynt\u00e4en. Tutkimuksessa perehdyttiin syvemmin, kuinka lihassolujen aineenvaihduntareitit \ntuottavat tiettyj\u00e4 kiinnostuksen kohteena olevia aminohappoja sek\u00e4 kuinka nopeasti ne tuottavat \nniit\u00e4 tietyiss\u00e4 aikapisteiss\u00e4. N\u00e4ytteiden analysoinnin osalta tutkimuksessa keskityttiin ensin \noptimoimaan UHPLC-MS/MS-menetelm\u00e4\u00e4 kuoppatestin sek\u00e4 aikapistevertailun avulla. Kun \nmenetelm\u00e4 oli saatu optimoitua mittauksiin sopivaksi, analysoitiin ihmisen lihassolun\u00e4ytteist\u00e4 \naineenvaihduntareittien virtausnopeutta eli fluksomiikkaa. Fluksomiikan tutkimisessa \nhy\u00f6dynnetiin isotooppileimausta, jossa ihmisen lihassolujen annettiin vaikuttaa 13C isotooppileimatun glukoosiliuoksen kanssa eri aikapisteiden verran. Isotooppileimattuja \nglukoosiliuoksia valmistettiin kokeellista osaa varten kahta erilaista, joissa niiden pitoisuudet \ns\u00e4\u00e4dettiin HS (horse serum) - ja FBS (fetal bovine serum) -seerumien avulla 2 ja 20 \nprosenttisiksi. Eri seerumipitoisten gluukosiliuosten tarkoituksena oli stimuloida ihmisen \nlihassolujen aineenvaihduntareittej\u00e4 ja tarkoituksena oli analysoida, onko isotooppileimatun \nglukoosiliuoksen v\u00e4kevyydell\u00e4 merkitt\u00e4v\u00e4\u00e4 vaikutusta aminohappojen tuotantoon.", "language": "fi", "element": "description", "qualifier": "abstract", "schema": "dc"}, {"key": "dc.description.provenance", "value": "Submitted by Miia Hakanen (mihakane@jyu.fi) on 2024-08-15T10:58:21Z\nNo. of bitstreams: 0", "language": "en", "element": "description", "qualifier": "provenance", "schema": "dc"}, {"key": "dc.description.provenance", "value": "Made available in DSpace on 2024-08-15T10:58:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0\n Previous issue date: 2024", "language": "en", "element": "description", "qualifier": "provenance", "schema": "dc"}, {"key": "dc.format.extent", "value": "92", "language": "", "element": "format", "qualifier": "extent", "schema": "dc"}, {"key": "dc.language.iso", "value": "fin", "language": null, "element": "language", "qualifier": "iso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.rights", "value": "In Copyright", "language": "en", "element": "rights", "qualifier": null, "schema": "dc"}, {"key": "dc.title", "value": "Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelm\u00e4ll\u00e4", "language": "", "element": "title", "qualifier": null, "schema": "dc"}, {"key": "dc.type", "value": "master thesis", "language": null, "element": "type", "qualifier": null, "schema": "dc"}, {"key": "dc.identifier.urn", "value": "URN:NBN:fi:jyu-202408155502", "language": null, "element": "identifier", "qualifier": "urn", "schema": "dc"}, {"key": "dc.type.ontasot", "value": "Master\u2019s thesis", "language": "en", "element": "type", "qualifier": "ontasot", "schema": "dc"}, {"key": "dc.type.ontasot", "value": "Pro gradu -tutkielma", "language": "fi", "element": "type", "qualifier": "ontasot", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.faculty", "value": "Matemaattis-luonnontieteellinen tiedekunta", "language": "fi", "element": "contributor", "qualifier": "faculty", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.faculty", "value": "Faculty of Sciences", "language": "en", "element": "contributor", "qualifier": "faculty", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.department", "value": "Kemian laitos", "language": "fi", "element": "contributor", "qualifier": "department", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.department", "value": "Department of Chemistry", "language": "en", "element": "contributor", "qualifier": "department", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.organization", "value": "Jyv\u00e4skyl\u00e4n yliopisto", "language": "fi", "element": "contributor", "qualifier": "organization", "schema": "dc"}, {"key": "dc.contributor.organization", "value": "University of Jyv\u00e4skyl\u00e4", "language": "en", "element": "contributor", "qualifier": "organization", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.discipline", "value": "Analyyttinen kemia", "language": "fi", "element": "subject", "qualifier": "discipline", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.discipline", "value": "Analytical Chemistry", "language": "en", "element": "subject", "qualifier": "discipline", "schema": "dc"}, {"key": "yvv.contractresearch.funding", "value": "0", "language": "", "element": "contractresearch", "qualifier": "funding", "schema": "yvv"}, {"key": "dc.type.coar", "value": "http://purl.org/coar/resource_type/c_bdcc", "language": null, "element": "type", "qualifier": "coar", "schema": "dc"}, {"key": "dc.rights.accesslevel", "value": "openAccess", "language": null, "element": "rights", "qualifier": "accesslevel", "schema": "dc"}, {"key": "dc.type.publication", "value": "masterThesis", "language": null, "element": "type", "qualifier": "publication", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.oppiainekoodi", "value": "40311", "language": "", "element": "subject", "qualifier": "oppiainekoodi", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "solut", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "aineenvaihduntatuotteet", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "analyysi", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "lihassolut", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "kemia", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "suuren erotuskyvyn nestekromatografia", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "massaspektrometria", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "soluviljely", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "analyysimenetelm\u00e4t", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.subject.yso", "value": "nestekromatografia", "language": null, "element": "subject", "qualifier": "yso", "schema": "dc"}, {"key": "dc.rights.url", "value": "https://rightsstatements.org/page/InC/1.0/", "language": null, "element": "rights", "qualifier": "url", "schema": "dc"}]
id jyx.123456789_96618
language fin
last_indexed 2025-02-18T10:55:24Z
main_date 2024-01-01T00:00:00Z
main_date_str 2024
online_boolean 1
online_urls_str_mv {"url":"https:\/\/jyx.jyu.fi\/bitstreams\/3f5c64b6-e3e6-4958-8429-243502dd6cda\/download","text":"URN:NBN:fi:jyu-202408155502.pdf","source":"jyx","mediaType":"application\/pdf"}
publishDate 2024
record_format qdc
source_str_mv jyx
spellingShingle Liimatainen, Roosa-Maria Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä Analyyttinen kemia Analytical Chemistry 40311 solut aineenvaihduntatuotteet analyysi lihassolut kemia suuren erotuskyvyn nestekromatografia massaspektrometria soluviljely analyysimenetelmät nestekromatografia
title Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä
title_full Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä
title_fullStr Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä
title_full_unstemmed Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä
title_short Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä
title_sort aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista uhplc ms menetelmällä
title_txtP Aineenvaihduntareittien fluksomiikan analysointi lihassoluista UHPLC-MS-menetelmällä
topic Analyyttinen kemia Analytical Chemistry 40311 solut aineenvaihduntatuotteet analyysi lihassolut kemia suuren erotuskyvyn nestekromatografia massaspektrometria soluviljely analyysimenetelmät nestekromatografia
topic_facet 40311 Analytical Chemistry Analyyttinen kemia aineenvaihduntatuotteet analyysi analyysimenetelmät kemia lihassolut massaspektrometria nestekromatografia solut soluviljely suuren erotuskyvyn nestekromatografia
url https://jyx.jyu.fi/handle/123456789/96618 http://www.urn.fi/URN:NBN:fi:jyu-202408155502
work_keys_str_mv AT liimatainenroosamaria aineenvaihduntareittienfluksomiikananalysointilihassoluistauhplcmsmenetelm