Comparison of genomes and host interactions of Finnlakeviridae phages - Kreuze, Kim (2023)
Faagit, jotka sisältävät lipidikalvon sekä yksijuosteista DNA:ta (ssDNA) ovat vähemmän tutkittuja verrattuna hännällisiin kaksijuosteisiin DNA- (dsDNA) faageihin, vaikka uusia ssDNA isolaatteja sekä geneettisiä signaaleja on alettu löytää ympäri maailmaa. FLiP oli ensimmäinen karakterisoitu faagi, jolla on nämä ominaisuudet, ja toistaiseksi ainoa Finnlakeviridae -virusperheen edustaja. Tutkielman tavoite oli karakterisoida kahta vuonna 2021 eristettyä faagi-isolaattia (ss- ja dsDNA sisältäviä) jotka infektoivat samoja Flavobakteeri- isäntiä kuin FLiP. Lisäksi haluttiin verrata FLiP -faagin ja uusien faagien isäntävuorovaikutusdynamiikkoja. Molempien bakteriofagien genomit koottiin, annotoitiin sekä analysoitiin useita eri bioinformaattisia ohjelmia käyttäen. Myös faagien isäntäkirjoja, adsorptiokäyriä, kasvukäyriä ja zymogrammeja verrattiin. Bakteriofagien morfologiaa tarkasteltiin läpäisyelektronimikroskoopilla. FLiP -faagin ja uuden ssDNA -faagin geneettinen vertailu osoitti, että niiden genomisekvenssien samankaltaisuus oli 96.64%, ja faagin nimeksi annettiin FLiP-2 tässä tutkielmassa. Nuklelotidierot kohdistuivat muun muassa viruksen koodittamaan hypoteettiseen piikkiproteiiniin ja proteiineihin, joilla on peptidoglykaanin pilkkomis- kyky. Lisäksi eroja löytyi faagien plakkikoossa, isäntäkirjossa ja mahdollisesti peptidoglykaanin pilkkomiskyvyssä. DsDNA -faagin osoitettiin olevan hännällinen myofaagi, ja sen nimeksi tuli B330-P19. Tämän faagin plakkimorfologia ja isäntäkirjo poikkesi suuresti molemmista FLiP -faageista. Lisäksi B330-P19 faagin kasvukäyrä osoitti, että se tuotti keskimäärin 27,73 uutta partikkelia infektoitua solua kohden, kun taas FLiP ja FLiP-2 faagien kohdalla vastaavat arvot olivat 4,58 ja 2,63. Tulokset laajentavat tunnettua Finnlakeviridae -perheen monimuotoisuutta ja osoittavat, että Finnlakeviridae faagit lisääntyvät joko Jyväsjärvessä tai sen ympäristössä. Lisäksi FLiP -faagin erikoisen elinkaaren kaltaisia elinkaarta ei esiinny hännällisellä faagilla, joka kuitenkin infektoi samoja isäntiä.