Salmonella-bakteerin diagnostiikkamenetelmien soveltuvuus alkutuotannon näytematriiseille ja biofilmin muodostus eri serotyypeillä - Tervo, Minna-Mari (2022)
Salmonella-bakteerin esiintyvyyttä tuotantotiloilla, tuotantoeläimissä sekä elintarvikkeissa valvoo Suomessa kansallinen Salmonellavalvontaohjelma. ISO 6579-1 standardin mukainen bakteeriviljely on ollut toistaiseksi ainoa menetelmä bakteerin tunnistukseen alkutuotannon näytematriiseista, mutta huhtikuussa 2021 voimaan tullut asetus zoonooseista (316/2021) mahdollistaa valvontaan kuuluvien näytteiden tutkimisen myös muilla laboratoriomenetelmillä. Nopea tunnistus on tärkeää, jotta bakteerin laaja leviäminen voidaan toimenpiteillä varhaisessa vaiheessa ehkäistä. Toimenpiteistä huolimatta bakteeri voi säilyä elinkykyisenä tiloilla pitkään, jota voi selittää bakteerien kyky muodostaa biofilmiä. Tässä tutkielmassa vertailtiin ISO 6579-1 standardin mukaisen bakteeriviljelyn ja kaupallisen qPCR-menetelmän soveltuvuutta Salmonella-bakteerin osoitukseen alkutuotannon näytematriiseilla. Lisäksi tutkittiin tuotantotiloilta eristettyjen Salmonella-kantojen biofilmin muodostusta kristalliviolettivärjäysmenetelmällä kahdessa eri lämpötilassa sekä kolmessa eri kasvatusliuoksen pitoisuudessa. Menetelmävertailun näyteotantaan kuului pakastettuja sekä tuoreita naudan uloste- ja ympäristönäytteitä. Menetelmien havaitsemisraja (LOD) määritettiin kanan ja naudan ulostenäytteillä sekä pölynäytteillä. Näytteiden esirikastus tehtiin kahdella rikastusliemellä, joiden vaikutusta menetelmien herkkyyteen arvioitiin. Menetelmävertailun ja havaitsemisrajan määrityksen perusteella qPCR-menetelmä soveltui yhtä hyvin kuin bakteeriviljely Salmonella-bakteerin osoitukseen tuoreista naudan uloste- ja ympäristönäytteistä. Bakteeriviljely sen sijaan soveltui luotettavammin bakteerin osoitukseen kanan ulostenäytteistä. Kummallakaan rikastusliemellä ei ollut vaikutusta menetelmien herkkyyteen. qPCR-menetelmä mahdollistaa tuloksen valmistumisen kahden vuorokauden sisällä, kun vastaavasti viljelyllä tuloksen valmistumiseen kuluu 3-6 vuorokautta. Biofilmin muodostuksen tutkiminen osoitti, että lähes kaikki tutkitut kannat muodostivat biofilmiä huoneenlämmössä ja alhaisessa ravinneliuoksen pitoisuudessa. Biofilmin muodostus voi olla yksi selittävä tekijä Salmonella-bakteerien pitkäaikaiseen esiintyvyyteen tuotantotiloilla.