ESBL-positiivisen suolistobakteeriyhteisön karakterisointi ja koostaminen - Paananen, Petra (2022)
Bakteerien yleistynyt antibioottiresistenssi on vaarantanut antibioottien tehokkuuden bakteeri-infektioiden hoidossa. ESBL:t (Extended-Spectrum Beta- Lactamases) ovat entsyymejä, jotka antavat kantajabakteerilleen resistenssin useita terveydenhuollossa yleisesti käytettyjä beetalaktaamiantibiootteja vastaan. ESBL- geenit ovat useimmiten sijoittuneet liikkuviin plasmideihin, jolloin ne voivat levittää resistenssin yhteisön muihin bakteereihin. Vaikka osa ihmisistä kantaa ESBL-bakteereja suolistossaan oireettomasti, ne aiheuttavat lisääntyneen komplikaatioriskin tavanomaistenkin lääketieteellisten toimenpiteiden yhteydessä. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli koostaa ESBL-bakteeria suolistossaan kantavan potilaan suolistomikrobiomista synteettinen bakteeriyhteisö ESBL-plasmidien leviämisen tutkimista varten. Ulostenäytteistä eristettyjä bakteereja karakterisoitiin antibioottiresistenssiprofiilin, 16S rRNA– ja genomisekvensoinnin avulla. Lopullinen synteettinen yhteisö koostui viidestä bakteerista, joita olivat Enterococcus faecalis, Citrobacter freundii, Klebsiella sp. ja Comamonas kerstersii sekä ESBL-positiivinen Escherichia coli. Yhteisön stabiilisuutta tutkittiin seitsemän vuorokauden mittaisessa yhteiskasvatuksessa 16S rRNA sekvensoinnin avulla. C. kerstersii -bakteeria lukuun ottamatta kaikki bakteerilajit säilyivät yhteisössä. Konjugaatiokokeissa havaittiin, että ESBL-plasmidien siirtymistä tapahtui pienissä määrin E. coli (JM109(pSU19)) bakteerikantaan. Synteettistä yhteisöä voidaan tulevaisuudessa käyttää liikkuvien plasmidien tutkimiseen kontrolloiduissa olosuhteissa ja näin ollen paremmin ymmärtää suoliston ESBL-kantajuuden riskejä.