Biophysical characterization and interaction study of Staphylococcus aureus LytM - Pitkänen, Ilona (2021)
Yleistyvä antibioottiresistenssi on yksi tämän hetken suurimmista terveydenhuollon tulevaisuutta uhkaavista haasteista. Erityisen huolestuttava ilmiö on moniresistenttien bakteerikantojen, kuten metisilliinille resistentin Staphylococcus aureuksen eli MRSA:n, yleistyminen. Resistentteihin kantoihin liittyy usein muita kantoja korkeampi kuolleisuus sekä taloudellisesti suuremmat kustannukset, mikä korostaa tarvetta kehittää vaihtoehtoisia tapoja hoitaa bakteeri-infektioita. Eräs kiinnostavista vaihtoehdoista on bakteerien soluseinän peptidoglykaania hajottava entsyymiryhmä peptidoglykaanihydrolaasit. Tässä tutkimuksessa käsiteltiin yhtä näistä entsyymeistä, lysostafiineihin kuuluvaa S. aureuksen autolysiiniä LytM. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli karakterisoida LytM:n N-terminaalisen domeenin liuosrakenne NMR-spektroskopiaa hyödyntäen ja selvittää aiemmasta kiderakenteesta puuttuvien epäjärjestäytyneiden alueiden rakenne. Rakenteen määrittämisen lisäksi LytM:n kahden domeenin välisiä vuorovaikutuksia sekä niitä yhdistävän linkkerialueen merkitystä tutkittiin titraatiokokeiden avulla. Tuloksena N-terminaaliselle domeenille määritettiin laadultaan hyvä liuosrakenne, josta havaittiin konstruktin N- ja C-terminaalisten päiden olevan epäjärjestäytyneitä. Titraatiokokeet osoittivat, että domeenien välisen vuorovaikutuksen muodostumiseen tarvitaan vähintään osittainen linkkerialue. Linkkerin todettiin laskostuvan osittain vuorovaikutuksen yhteydessä, ja vuorovaikutuspinta määritettiin proteiinin sekvenssissä aminohappoihin 130-148. Lisätutkimuksia tarvitaan aktivaatiomekanismin sekä N-terminaalisen domeenin merkityksen ja toimintojen selvittämiseksi.