RNA sequencing and immunohistochemistry as tools to identify new biomarkers for pulmonary carcinoid tumor patients - Niinimäki, Jenni (2021)
Syövän kehittymisessä tietyt geenit ovat usein yliekspressoituja ja niiden tunnistaminen tarjoaa mahdollisuuksia löytää diagnostisia, prediktiivisiä ja prognostisia merkkiaineita sekä kohteita syöpätautien lääkehoidoille. Tässä tutkimuksessa RNA-sekvensoinnin ja immunohistokemian avulla pyrittiin tunnistamaan uusia merkkiaineita keuhkon karsinoidikasvaimista. Tutkimusaineisto koostui 128:n Helsingin yliopistollisen sairaalan karsinoidikasvainpotilaan (PC) diagnostisista formaliinifiksoiduista, parafiiniin valetuista kasvainnäytteistä vuosilta 1990–2013. Geeniekspressiota tutkittaessa HSP90AB1 osoitti voimakasta ilmentymistä metastasoineiden PC-kasvainten ryhmässä (p = 0.002). Myös geenin paralogi, HSP90AA1, ekspressoitui normaalia voimakkaammin. Arvioitaessa immunohistokemiallisin värjäyksin näiden geenien koodaamien proteiinien ekspressiotasojen suhdetta erilaisiin kliinispatologisiin muuttujiin, havaittiin korkean Hsp90-α ja -β ekspression assosioituvan potilaan huonontuneeseen ennusteeseen (p = 0.009) sekä kohonneeseen tautikuoleman riskiin. Johtopäätöksenä, RNA-sekvensointi osoittautui toimivan hyvin geenien ilmentymisen tutkimiseen formaliinifiksoiduista, parafiiniin valetuista PC-kasvainnäytteistä. Menetelmää hyödyntäen kyettiin osoittamaan yhteys kohonneen HSP90AB1-ekspression ja kasvaimen aggressiivisuuden välillä. Immunohistokemialla osoitettavaa sytoplasmista Hsp90-α ja -β ilmentymistä voitaneen jatkossa hyödyntää yksittäisten PC-potilaiden ennusteen arvioinnissa. Hsp90-proteiinin inhibointi voisi olla tulevaisuuden hoitomuoto PC-tautiin.