Cellular distribution and amounts of positive and negative RNA strands of enterovirus during an infection in vitro - Salmikangas, Sami (2020)
Enterovirukset ovat pieniä vaipattomia viruksia, joilla on positiivinen RNAgenomi. Ihmisille infektiivisiä enteroviruksia tunnetaan yli sata erilaista, ja ne voivat aiheuttaa monia tauteja normaalista flunssasta sydänlihastulehdukseen ja aivokalvontulehdukseen. Enterovirusten elämänkierto tunnetaan melko hyvin, mutta riittämättömien menetelmien takia niiden positiivisen RNA-genomin sekä negatiivisten RNA-juosteiden jakaumaa ja määrää solussa infektion aikana ei tunneta juurikaan. Viruslääkkeitä voitaisiin suunnitella estämään mitä tahansa viruksen elämänkierron vaihetta, mutta tätä varten tarvitaan uusia tekniikoita tutkia RNA-juosteita infektion aikana. Tässä tutkimuksessa kehitimme branched DNA in-situ fluoresenssi hybridisaatioon perustuvan uuden protokollan, ja käytimme tätä metodia käänteistranskriptio – kvantitatiivisen PCR:n ohella enterovirusten RNA-juosteiden jakauman ja määrän tutkimiseen infektion aikana. Tulostemme mukaan viruksen positiivisen-, negatiivisen- sekä kaksoisjuosteisen RNA:n määrä on lähes olematon ennen kolmea tuntia infektion jälkeen, ja niiden määrä kasvaa huomattavasti 4-5 tuntiin infektion jälkeen. Positiivinen RNA on jakautunut solun ulkoreunoille, kun taas negatiivinen ja kaksoisjuosteinen RNA on lähempänä solun tumaa. RNA juosteet eivät lokalisoidu viruksen kapsidin tai solun tuman kanssa. Testasimme myös kolmen eri viruslääkkeen vaikutusta RNAjuosteiden määrään ja jakaumaan solussa, ja tulostemme mukaan kaikki lääkkeet estivät virusinfektion ja viruksen RNA-synteesin lähes kokonaan. Nämä tulokset, kehittämämme protokollan ohella, auttavat tutkimaan enterovirusten elämänkiertoa tehokkaammin ja kehittämään uusia mahdollisia viruslääkkeitä.