Laskennalliset menetelmät foldameeritutkimuksessa - Räihä, Matti (2016)
Foldameerit ovat oligomeerejä, joilla on stabiili sekundäärirakenne eli niillä on kyky laskostua. Foldameerien syntetisointi ja karakterisointi on usein melko vaikeaa. Tästä syystä niiden rakenteen ja ominaisuuksien tutkimiseksi on kehitelty useita erilaisia laskennallisia malleja. Laskennalliset menetelmät jakautuvat kvanttimekaniikan menetelmiin ja molekyylidynamiikkaan. Molekyylidynamiikka perustuu klassiseen mekaniikkaan. Siinä yksittäisiä atomeja käsitellään palloina, joilla on muuttumaton varaus. Atomien väliset sidokset on yksinkertaistettu jousiksi, joilla on tasapainotila, joka on sama kuin kokeellinen tai laskennallinen sidospituus. Kvanttimekaniikan menetelmillä voidaan tutkia molekyylien konformaatioiden energioita, kun taas molekyylidynamiikalla pystytään mallintamaan molekyylien tai atomien käytöstä liuos- tai kiinteässä tilassa. Tässä työssä pääpaino on erityisesti molekyylidynamiikan menetelmien hyödyntämisessä foldameerien tutkimuksessa.