Immunodetection of VP11, the minor capsid protein of thermophilic bacteriophage P23-77 - Moilanen, Anni (2015)
VP11 on termofiilisen bakteriofagin P23-77 kapsidiproteiini ja se muodostaa ikosahedraalisen kapsidirakenteen yhdessä pääkapsidiproteiinien, virusproteiini (VP)16 ja VP17, kanssa. VP11 tarkkaa paikkaa ja toimintaa kapsidissa ei tiedetä. Aiemmissa tutkimuksissa VP11 on arveltu sijaitsevan joko kapsidikuoren alapuolella tai kapsidin ulkopinnalla piikkirakenteissa. Tutkimuksen tavoitteena oli optimoida VP11 havaitsemisessa käytettävä western blot –menetelmä, arvioida VP11 määrää kapsidissa ja tutkia VP11 sijaintia vasta-ainevärjäyksen ja transmissio elektronimikroskopian (TEM) avulla. Western blot –menetelmän optimoinnissa käytettiin puoli kuivaa (engl. semi-dry) menetelmää vaihtelemalla vasta-ainevärjäysolosuhteita. VP11 määrää kapsidissa analysoitiin denaturoivan polyakryyliamidigeelin juovien intensiteetteihin avulla. P23-77 kasvatettiin isäntäbakteeri Thermus thermophiluksessa, jota seurasi kaksivaiheinen viruspuhdistus. Puhdistettu virus vasta-aineleimattiin ja kuvattiin TEMilla. Western blot –menetelmän optimointi onnistui, menetelmä antoi tarkan signaalin optimaalisten vasta-ainevärjäysolosuhteiden löydyttyä. Lisäksi western blot –tulokset viittasivat siihen että VP11 on rakenteeltaan dimeeri. VP11 kopiomäärän arvioitiin olevan 147, joka viittaa siihen että VP11 ei ole osallisena viruksen kapsidin piikkirakenteissa. Alustavat TEM kokeet tukevat sitä että VP11 ei sijaitse kapsidin ulkopinnalla. Saatujen tulosten perusteella VP11 sijaitsee viruskapsidin sisäpuolella dimeeri-rakenteena. Proteiinin sijainnin ja muiden ominaisuuksien vuoksi VP11 saattaa olla hyödyllinen tulevaisuuden bioalan sovelluksissa.