Flavobakteereita infektoivan ssDNA-bakteriofagi V155:n karakterisointi - Marjakangas, Jenni (2014)
ssDNA-bakteriofageja esiintyy ympäristössä huomattavasti enemmän, kuin mitä on aiemmin oletettu. Viime aikoina kehittyneet virusten laskentametodit ovatkin aiheuttaneet ainoan tunnetun ssDNA-faagiperheen, Microviridae:n, nopean kasvun ja monipuolistumisen. Täysin uusia ssDNA-faagiperheitä ei ole kuitenkaan löydetty. Tässä tutkielmassa karakterisoitiin Jyväsjärvestä eristettyä uutta ssDNA-bakteriofagi-V155:sta. Tavoitteena oli tutkia kyseisen faagin erityispiirteitä, sekä selvittää, kuuluuko se Microviridae-perheeseen. Metagenomianalyysien ansiosta ssDNA-faageja tiedetään esiintyvän runsaasti sisävesissä, mutta tämä on ensimmäinen kerta, kun järvestä eristettyä ssDNA-faagia kasvatetaan laboratorio-olosuhteissa sen morfologian, isäntäkirjon sekä elinkierron karakterisoimiseksi. Bakteriofagin genomi todettiin ssDNA:ksi nukleaasikäsittelyillä, ja sen proteiiniprofiilia sekä mahdollisia lipidirakenteita analysoitiin SDS-PAGE:lla. V155:n ja sen isäntien morfologiaa sekä faagi-isäntä-vuorovaikutuksia tarkasteltiin TEM-kuvantamisen avulla. Lisäksi faagin isäntäkirjoa sekä elinkiertoa tutkittiin infektiokokeilla sekä plakkianalyysillä. Bakteriofagin kapsidin havaittiin olevan ikosahedraalinen tunnettujen Microviridae-faagien tapaan, mutta TEM:n mukaan sen koko eroaa huomattavasti muiden Microviridae-faagien kapsideista. Kloroformitestin ja lipidivärjäyksen perusteella V155:ssä näyttäisi olevan lipidejä, mutta tämä täytyy vielä vahvistaa myös muilla kokeilla. Kalvorakenteiden löytyminen tekisi tutkitusta faagista ainutlaatuisen tunnettujen ssDNA-faagien joukossa. Isäntäkirjotestissä faagi kykeni infektoimaan kolmea eri Flavobacterium-kantaa. Tämä on ensimmäinen kerta, kun ssDNA-faagin on havaittu infektoivan kyseistä bakteerisukua. Lisäksi V155:n muodostamat plakit sekä ongelmat nestekasvatuksessa viittaavat faagin kykyyn siirtyä tarvittaessa lysogeeniseen elinkiertoon, mikä on melko harvinaista ssDNA-faagien keskuudessa. V155 osoittaa siis selviä samankaltaisuuksia Microviridae-perheeseen, mutta löydetyt eroavaisuudet viittaavat kuitenkin siihen, että tutkittu bakteriofagi kuuluu mitä todennäköisimmin uuteen Microviridae-alaperheeseen, ellei jopa täysin uuteen virusperheeseen. V155:n rakenne- sekä sekvenssitutkimusta tarvitaan vielä lisää faagin fylogenian selvittämiseksi.